БИБЛИОТЕКА ПРОЕКТА
Библиотека проекта
Лучшее из известного нам
Задача нашей библиотеки
Эволюция и расширенный эволюционный синтез,
Семиотика, Код-Биология, Эволюционные вычисления, Социальные и географические науки и многое другое...
Способствовать распространению знаний о сути расширенного эволюционного синтеза, эволюции в биологии и общественных науках, биологических, социально-политических и географических явлений.
Сам же термин «эволюция» был введен Г. Спенсером в 1852 г. [Чайковский, 2008, с. 91]* для обозначения процесса появления новых видов путем накопления мелких изменений, т.е. для микроэволюции в современной трактовке. Осмысленность этого будет далее предметом специального обсуждения. Притом что Дарвин этим термином не пользовался, он стал общеупотребимым в обсуждаемой области после работ Геккеля, в результате чего Дарвин и оказался эволюционистом.
Сергей Чебанов, участник проекта РНФ

Чебанов С.В. На что претендует историзм (эволюционизм) и что у

него получается? Часть 1. МИКРОЭВОЛЮЦИЯ // МЕТОД. 2021. Вып. 11.


*Чайковский Ю.В. Активный связный мир. Опыт теории эволюции жизни. М.: Товарищество научных изданий КМК, 2008. 727 с.

The neo-Darwinian theory of evolution does not take into account the semiosic nature of the systems under study, therefore its applicability to languages and cultures (and also to biological species as communicative semiosic systems) should be rigorously questioned.
Kalevi Kull (Калеви Кулль)

Kull K. Towards a Theory of Evolution of Semiotic Systems //

Chinese Semiotic Studies. 2014. Vol. 10, No. 3. P. 485-495.

БИБЛИОТЕКА
Биологические науки
PROBLEM OF DOMAIN/BUILDING BLOCK PRESERVATION IN THE EVOLUTION OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES AND EVOLUTIONARY COMPUTATION
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2022. May, 20th. 21 p.
ALEXANDER SPIROV (АЛЕКСАНДР СПИРОВ)
Ekaterina Myasnikova (ЕКАТЕРИНА МЯСНИКОВА)
Structurally and functionally isolated domains in biological macromolecular evolution, both natural and artificial, are largely similar to “schemata”, building blocks (BBs), in evolutionary computation (EC). The problem of preserving in subsequent evolutionary searches the already found domains / BBs is well known and quite relevant in biology as well as in EC. Both biology and EC are seeing parallel and independent development of several approaches to identifying and preserving previously identified domains / BBs. First, we notice the similarity of DNA shuffling methods in synthetic biology and multi-parent recombination algorithms in EC. Furthermore, approaches to computer identification of domains in proteins that are being developed in biology can be aligned with BB identification methods in EC. Finally, approaches to chimeric protein libraries optimization in biology can be compared to evolutionary search methods based on probabilistic models in EC. We propose to validate the prospects of mutual exchange of ideas and transfer of algorithms and approaches between evolutionary systems biology and EC in these three principal directions. A crucial aim of this transfer is the design of new advanced experimental techniques capable of solving more complex problems of in vitro evolution.
Keywords
Evolutionary computation, genetic algorithms, synthetic biology, evolution of biological macromolecules, in vitro evolution, cross disciplinary knowledge transfer, transfer of algorithms, modularity, building blocks, conservative protein domains, DNA shuffling, multi-parent recombination, building block identification, chimeric protein libraries optimization, estimation of distribution algorithms.

КОНЦЕПЦИИ КАНАЛИЗИРОВАННОСТИ И ГЕНЕТИЧЕСКОЙ АССИМИЛЯЦИИ В БИОЛОГИИ РАЗВИТИЯ. СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ И ИССЛЕДОВАНИЯ
Журнал эволюционной биохимии и физиологии. 2021. Т. 57, № 1. С. 3-16.
АЛЕКСАНДР СПИРОВ
Владимир Левченко
Марат Сабуров

Две взаимосвязанные части концепции Конрада Уоддингтона – концепция канализированности (canalization) и концепция генетической ассимиляции (ассимиляции генов, genetic assimilation), – сформулированные в 40е годы прошлого века, продолжают привлекать внимание исследователей. Это один из самых впечатляющих примеров трансдисциплинарного развития концепций.

Индивидуальное развитие любого организма, происходит в условиях постоянных и неустранимых изменений факторов внешней среды и внутренних возмущений молекулярно-физиологических процессов. Учитывая, что организмы в популяции различаются генетически, реализация генетической программы должна быть, поэтому, относительно устойчива к генетической изменчивости.


По Уоддингтону индивидуальное развитие канализировано, т.е. происходит внутри некоторого канала условий, ограничивающего изменчивость траектории развития. Однако, сильные изменения среды и внутренние возмущения, некоторые достаточно сильные флуктуации этих факторов способны «выбрасывать» траектории индивидуального развития за пределы канала. При этом появляются аберрантные фенотипы, некоторые их которых способны участвовать в последующем отборе. При сохранении условий, систематически приводящих к такому смещению индивидуального развития, особенности этих фенотипов и их потомства через ряд поколений могут зафиксироваться отбором и генетически. Иначе говоря, отбор приводит к появлению наиболее генетически подходящих при сложившихся обстоятельствах вариантов фенотипов, у которых траектории развития соответствующим образом изменены. Популяции организмов с измененными траекториями и отличающимися генотипами продолжают существовать и в дальнейшем, когда действие возмущающих факторов прекращается. Этот механизм, приводящий к ситуации «сходные фенотипы, но отличающиеся генотипы» Уоддингтон называл ассимиляцией генов.


Недавние результаты из области системной эволюционной биологии позволили подвести количественную базу под классические концепции Конрада Уоддингтона об устойчивости индивидуального развития и ассимиляции при некоторых мутационных изменениях. Появилась возможность развивать эту концепцию дальше в свете новых экспериментальных и теоретических результатов. Особенный прогресс достигнут в анализе молекулярных механизмов канализированности. Обсуждение результатов этой области системной биологии на уровне заключений по результатам компьютерного моделирования, а также и в сравнении с заключениями по экспериментальными данными, и составляет предмет данной статьи.

Ключевые слова
Концепции Уоддингтона, канализированность, фенотипическая пластичность, генетическая ассимиляция, моделирование генных сетей


Раздел находится в стадии разработки

Об изменениях будет сообщено дополнительно.

This site was made on Tilda — a website builder that helps to create a website without any code
Create a website